אגף הכספים עוסק בתחום הפיננסי של המרכז הרפואי הלל יפה. האגף כולל מנהלת כספים, סגנית מנהלת כספים, מזכירה, ועובדים בענף הספקים והמשכורת וביחידת הגבייה. עובדי אגף הכספים הם בעלי הכשרה ניהולית ומקצועית אשר נרכשה במסגרת עבודתם במרכז הרפואי הלל יפה. ההכשרה כוללת מיומנות בניהול, מינהל שירותי בריאות, קורס יחסי אנוש, תארים אקדמאיים ועוד. המחלקה, על כל ענפיה, מקפידה לשמור על רמת השירות האיכותי מול החולים והמטופלים ומול עובדי המרכז הרפואי.
ענף ספקים עוסק בבקרה על רכש בית החולים, תשלומים לספקים ולגורמי חוץ.
מחלקת משכורות עוסקת בכל הקשור לקליטת עובדים, להפסקות עבודה, לדיווחים למיכון, לתביעות ביטוח לאומי, למקבלי שכר שונים, לתורנויות, כוננויות ולשעות נוספות ולאחיות.
ביחידת הגבייה נגבים כספים עבור שירותים שהמרכז הרפואי הלל יפה מספק - אשפוז, מיון ומרפאות. היחידה עוקבת גם אחר התקבלות התשלומים תוך עמידה בתנאי האשראי של הלקוחות.
תקציב מול ביצוע
מערכת החשבונאות באגף הכספים, כמו בכל בתי החולים, בנויה על פי תפיסת החשבונאות הממשלתית של תקציב מול ביצוע, על בסיס מצטבר. התקציב הנו הוצאה מותנית בהכנסה. למעשה, בית החולים רשאי לבצע את תקציב ההוצאות כל עוד תקציב ההכנסות ימומש על ידי מכירת שירותים ללקוחותיו, ובהתאם לגבייה מהלקוחות.
בשנת 1998 בתי החולים הממשלתיים הכלליים החלו לפעול במתכונת של מפעלים עסקיים. מתכונת מפעלים עסקיים אינה משנה את מעמד בתי החולים הממשלתיים, וממשיכות לחול עליהם כל הוראות החוק, התקנות, ההנחיות וההסדרים שהיו קיימים עד כה. לשם כך עובד האגף בערכת עיבוד נתונים אלקטרוניים (ענ"א) פיננסית חדשה ומתקדמת התומכת בחשבונאות זו. | 
.jpg?BannerID=135 "זימון תורים")
.jpg)